A seguito dell'esaurimento delle competenze di Ato Città di Milano, il Consiglio Comunale, per effetto della Legge regionale sulle "Disposizioni per la valorizzazione del ruolo istituzionale della Città metropolitana di Milano", trasferirà entro il 17 giugno 2016 le competenze e le risorse finanziarie dell'organismo (con il quale il Comune di Milano esercita le funzioni di organizzazione, programmazione, regolazione e controllo della gestione del servizio idrico integrato) all'Ato Città Metropolitana di Milano. Fino alla data dell'effettivo passaggio di consegne, l'Amministrazione comunale e la Città metropolitana adotteranno atti di straordinaria amministrazione indifferibili e urgenti, previa reciproca informativa.

Il Comune di Milano aderirà alla Conferenza dei comuni dell'ambito della Città metropolitana di Milano, l'organismo che coordina e favorisce la cooperazione tra i Comuni per l'esercizio delle funzioni in materia di ciclo integrato delle acque e di gestioni del servizio idrico integrato.