Virginia Centurione nacque a Genova  il 2 aprile 1587. Il padre avrebbe poi ricoperto la carica di Doge Biennale. All'età di quindici anni Virginia venne data in sposa ed ebbe due figlie. Rimasta vedova nel 1607 all'età di vent'anni, dopo aver deciso di non passare a seconde nozze si ritirò con le due figlie a casa della suocera. La scelta di dedicarsi all'attività caritativa e poi a una forma di vita religiosa non è in Virginia un dato spiegabile solo attraverso il suo cammino spirituale; si tratta della corrispondenza ad un elemento della cultura genovese del tempo. 
Nel 1631 prese in affitto un convento in località Monte Calvario. La struttura che raccoglieva donne e ragazze destinate alla prostituzione, raccolte dalla Centurione venne presto sdoppiata in una seconda casa, dello S. Santo, che avrebbe accolto le più «ricuperabili» nella val Bisagno, fuori dalla città. In queste strutture le ricoverate conducevano una vita semimonastica con obbedienza, povertà, un abito uniforme, senza però emettere voti. Chi voleva poteva andarsene a patto che avesse un recapito e una fonte di sostentamento. Con un editto del 13 dicembre 1635 il Senato della repubblica di Genova riconosceva le due strutture come una sola opera di pubblica utilità. Nel 1632 l'Ufficio dei Poveri aveva affidato, come da lei richiesto, a Virginia la cura del Lazzaretto di Genova che, se all'epoca non aveva più una funzione direttamente collegata alla lebbra, rimaneva con i suoi seicento internati un elemento basilare delle strategie di assistenza della repubblica.