Se il dossier presentato dall'Olanda per l'assegnazione ad Amsterdam dell' EMA presenta, come affermato dal Comune di Milano, delle lacune e in sede di valutazione tecnica da parte degli organi europei si è pervenuti a equiparare Milano (che sinora non si è dimostrata non rispondente alle esigenze dell'Ema) ad Amsterdam ai fini del procedimento di assegnazione - tanto che si è giunti al sorteggio finale - ci potrebbe esser da temere che qualche passaggio procedimentale non abbia funzionato a dovere.  Il che può significare che possa esser intervenuto un errore di valutazione tecnica da parte degli organi europei e il Trattato istitutivo dell’Unione Europea prevede il metodo per risolvere il problema. Ma è doveroso chiedersi quale tutela potrebbero avere gli stati membri se, invece che a causa di un errore dovuto a colpa, l’Unione assumesse una decisione negativa per uno Stato a seguito di comportamenti dolosi, occorsi nell’iter della decisione.  

La situazione che si è configurata (ove si confermassero le affermazioni di chi ha espresso lagnanze) nel nostro ordinamento ben potrebbe da sé far scattare non solo un’inchiesta amministrativa per verificare se non ci siano violazioni di legge nella vicenda, ma anche far instaurare un’indagine penale, per accertare che non ci siano violazioni quantomeno sul piano del reato d'abuso d'ufficio.

Ora, ci si chiede quale tutela sussista, nei confronti dell' Unione Europea e delle azioni che alla stessa si riconducono (riconducibili a dirigenti, funzionari, rappresentanti politici) sul piano della giurisdizione penale.
Secondo le nostre leggi, se il reato è compiuto all'estero da un funzionario straniero a danno di cittadini italiani, è perseguibile penalmente dalla nostra magistratura solo se l'indagato è presente sul territorio italiano.
In seno alla Commissione Europea esiste l’Ufficio Europeo per la Lotta antifrode (OLAF), competente a indagare su comportamenti dolosi, anche di natura penale commessi in seno all’attività istituzionale della U.E.. Tale organo, tuttavia, non esercita un’attività giurisdizionale (tantomeno penale), bensì svolge un'attività interna amministrativa, analogamente a quanto avviene con le nostre Commissioni Parlamentari di inchiesta.
Resta da chiedersi quale tutela giurisdizionale penale rimanga per gli stati membri nei quali non abbiano sede le istituzioni europee, a fronte di reati che li danneggino. Il criterio della giurisdizione (legata al luogo di sede della commissione dei fatti) finirebbe per creare una forte sperequazione, con uno sbilanciamento a sfavore di quegli stati, i quali non potrebbero mai godere di una piena tutela sul piano penale, quanto meno pari a quella degli stati che ospitano sedi di istituzioni; Stati questi ultimi sotto la cui giurisdizione penale ricadrebbero direttamente, proprio per il principio territoriale della giurisdizione, i reati compiuti dai funzionari europei.